Oncode Institute, een onafhankelijk onderzoeksinstituut dat ruim 800 fundamentele kankeronderzoekers in Nederland verenigt, investeert 4 miljoen euro in unieke, state-of-the art technologie voor kankeronderzoek. Vijf projecten op het gebied van onder andere Single Cell eiwitmetingen en DNA sequencing, Artificial Intelligence en Deep Learning zijn toegekend. Deze technologieën komen niet alleen beschikbaar voor de twaalf instituten die zijn aangesloten bij Oncode Insitute, maar zullen ook beschikbaar gemaakt worden voor de verdere onderzoeksgemeenschap in Nederland.
Geert Kops, Scientific Director van Oncode Institute, licht toe: “Het doel van Oncode Institute is om de resultaten van baanbrekend fundamenteel onderzoek sneller naar de kliniek te vertalen, om zo de kansen van kankerpatiënten te verbeteren. In plaats van concurrentie tussen wetenschappers stimuleert Oncode samenwerking. Investering in nieuwe technologieën – die door diverse wetenschappers en instituten gebruikt kan worden en eerder nog niet beschikbaar was in Nederland – is een van de manieren waarop Oncode wil bijdragen aan doorbraken in kankeronderzoek.”
Het overzicht van de goedgekeurde projecten is als volgt:
Oncode single-cell (epi)genome sequencing facility
Hoofdaanvrager: Alexander van Oudenaarden, Hubrecht Instituut
Doel: Opzetten van een faciliteit voor de DNA-analyse van individuele cellen. Met protocollen ontwikkeld door de aanvragers kan zowel het genomische DNA als de epigenetische status worden gemeten van een individuele cel.
Oncode Single cell proteomics facility
Hoofdaanvrager: Boudewijn Burgering, UMC Utrecht
Doel: Opzetten van een faciliteit voor het meten van de eiwitten in een enkele cel door middel van state-of-the-art eiwit massaspectrometrie.
Oncode GPU infrastructure to enable Artificial Intelligence and Deep Learning applications
Hoofdaanvragers: Anastassis Perrakis, NKI; Jeroen de Ridder, UMC Utrecht en Lude Franke, UMC Groningen
Doel: Onderzoek maakt meer en meer gebruik van grote en complexe datasets waarbij kunstmatige intelligentie nodig is voor de analyse. Met deze aanvraag wordt GPU-infrastructuur beschikbaar gemaakt voor onderzoekers om het werken met en delen van data mogelijk te maken.
Oncode 3D orbital tracking imaging
Hoofdaanvrager: Tineke Lenstra, NKI
Doel: Microscoop waarmee de onderzoeker een deel van een cel kan selecteren en in 3D kan volgen. Hiermee kan bijvoorbeeld de locatie van een specifiek molecuul gevolgd worden in de tijd.
Oncode platform for clinical colorectal cancer samples
Hoofdaanvrager: Louis Vermeulen, Amsterdam UMC
Doel: Opzetten van een online overzicht van alle beschikbaar materialen (weefsel, bloed, rest materiaal) van klinische studies op het gebied van darmkanker wat gebruikt kan worden voor onderzoek. De ontwikkeling van dit platform zal in samenwerking met het Prospectief Landelijk CRC cohort (PLCRC) uitgevoerd worden.
